A partir de 1798, l'Ordre va vivre dans l'ombre du sceptre Russe, tenu d'abord par Paul Ier, puis par son fils Alexandre Ier.
En effet, contrairement aux successeurs de Charles-Quint qui disposaient du titre de Protecteurs "ex-officio", les Empereurs Russes qui l'ont porté ont véritablement étendu une protection matérielle et morale sur l'Ordre.
Pour reprendre les termes utilisés par Pie VII quelques années plus tard, l'Ordre : "... aurait été anéanti, si le très puissant Paul Ier [...] ne lui avait tendu la main lors qu'il était abattu et presque sans vie et ne lui avait apporté sa prospérité présente et le salut dans tant de périls, au point que l'Ordre actuellement existant, et qui peut maintenant refleurir, lui doit certainement son existence".
Le 6 septembre 1798, tous les "Maltais", c'est-à-dire les Chevaliers Hospitaliers présents à Saint-Pétersbourg se réunissent et, se constituant en collège conventuel régulier, déposent Hompesch "coupable de la plus stupide négligence ou complice des perfidies qui ont trahi l'Ordre". Paul 1er déclara prendre en charge les intérêts de l'Ordre. Puis, le 7 novembre 1798, il fut élu Grand Maître par le même collège électoral. (N.B. : la démission forcée de Hompesch, récalcitrant, lui fut imposée par l'Empereur d'Autriche le 6 juillet 1799). Pour la première fois, le Grand Maître est issu des Chevaliers Grands-Croix d'Honneur. Marié, il est non-Profès et non-Catholique romain.
Intronisé dans la Maîtrise de l'Ordre de Malte par le Nonce apostolique, Monseigneur Litta, qui assume la responsabilité de cet acte religieux, le 29 novembre 1798, Paul Ier ajoute dix Commanderies de plus au Grand Prieuré Russe Catholique, à titre de remerciement.
L'Ecole du Corps des Pages auquel était affecté le Palais Worontzoff, quartier général de l'Ordre, forma, jusqu'en 1917, plus de 6.000 jeunes officiers de l'Empire russe .
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